برامج الماجستير المقدمة داخل الكلية هى:

1- ماجستير العلوم في علم الآدوية
ويمكن الحصول على معلومات أكثر عن هذا التخصص من هنا

2- ماجستير العلوم فى السموم الإكلينيكية
ويمكن الحصول على معلومات أكثر عن هذا التخصص من هنا  

3- ماجستير العلوم فى الصيدلة الإكلينيكية
ويمكن الحصول على معلومات أكثر عن هذا التخصص من هنا